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文章篇)S5E08:信号通路钻研方式案例——看Na

浏览次数:时间: 2019-08-28

  做者通过质谱进行葡萄糖饥饿处置组、对照组的甲基化润色卵白筛选,成果判定到这个位点,然后再找到

  正在确定CARM1下逛通路中,做者用了我们熟悉的RNA-seq方式,并沉点阐发自噬相关基因,当然,也通过CHIP-seq来确定H3R17me2连系的基因启动子,再连系文献报道,从而把TFEB挑选出来。下面就是证明CARM1取TFEB的感化对下逛基因和H3R17me2的影响了,这里的研究内容包罗:CARM1取TFEB的连系,要素变量CARM1、TFEB和H3R17me2的干涉对下逛基因通路的影响。

  c.做者尝试室就是研究组卵白润色的,并且对于组卵白赖氨酸润色曾经研究的差不多了,所以研究下精氨酸润色是很一般的。

  至于具体哪个缘由我们就不得而知了,这一步的要素变量是H3R17me2和CARM1,按照前次我们说的看文章的方式((方式篇):四步法快速读文章),具体内容就是针对这三个要素变量的加减法:

  做者阐述这部门成果的时候,是从自噬——AMPK通路对SKP2的表达调控出发的,而FOXO3a简直定是这一步的环节。若是我们做到这一步,就会碰到如许的难题:已知SKP2的表达(mRNA和卵白)下调,而自噬激活了AMPK信号通路,AMPK是个激酶,AMPK取SKP2两者之间是没有间接感化的。那么很天然的猜想就是:AMPK通过磷酸化某卵白,激活这个卵白,而这个卵白正好可以或许下调SKP2的表达,那么这个这个卵白除了是因子(FOXO3a)外,还有没有其它可能呢?纯真从下调SKP2的表达下调来考虑,选择仍是良多的。好比,做者就解除了卵白程度降解的影响。

  从这一步起头,文章思绪难度就起头降低了,若是我们若是碰到这种环境呢,就会考虑CARM1上调的程度是仍是后,先测定下CARM1的mRNA和卵白程度后再做判断,若是mRNA程度也有上调,那么考虑下甲基化润色、激活因子、microRNA等等,这里做者没有说mRNA的变化,我们暂不考虑。接下来做者发觉卵白程度有变化了,一般我们也会考虑是翻译添加仍是降解削减。好吧,做者再次间接看卵白降解,我们一般是这么来做的:先做CARM1的IP+质谱,筛选下那些卵白取CARM1连系的卵白,然后再挑泛素毗连酶,于是就呈现了SKP2,那么这里的要素变量就是SKP2了:

  最初我们简单回首一下文章:做者研究的从题是细胞自噬,思绪是先寻找到自噬相关的组卵白甲基化润色位点H3R17me2和CARM1,然后别离往CARM1的上逛和下逛扩展。上逛看CARM1上调的缘由,成果发觉介导CARM1降解的泛素化毗连酶SKP2表达下调;再往上走,发觉SKP2下调的缘由是因子FOXO3a的激活;再往上走,最初发觉FOXO3a的激活是由AMPK磷酸化介导,而AMPK通路正在自噬过程中被激活是曾经广为承认的了。下逛:从CARM1上调后的成果出发,通过RNA测序、卵白互做、CHIP、剂等发觉并验证了CARM1取TFEB对H3R17me2和自噬相关基因的调控感化。